В музее развёрнут комплекс интерактивных экспозиций, посвящённых природе Русского Севера, с которыми можно знакомиться самостоятельно или в качестве участника занятий и мастер-классов.

Светозвуковая экспозиция «Русский Север. Времена года» знакомит с животным и растительным миром края. В панорамной витрине можно увидеть кошку рысь и енотовидную собаку, лесных куликов вальдшнепов и семью медведей, выполненных корифеем отечественной таксидермии Н. К. Назьмовым.

Экспозиция «Живое прошлое Земли» посвящена палеонтологическим находкам и открытиям, сделанным в окрестностях Великого Устюга. Здесь демонстрируются зубы, костные щитки, рёбра парейазавров, слепки черепов пермских ящеров, впервые найденных на устюжской земле, а также кости животных ледникового периода. Посетители смогут собрать макет скелета парейазавра, сложить пазлы и узнать, как выглядел ящер дицинодонт.

В зале «Хозяин тайги» можно познакомиться с бурым медведем, его внешним видом, отпечатками лап, повадками, побывать в берлоге, зайти в гости к трём сказочным медведям.

Экспозиция «Удивительное рядом» посвящена особо охраняемым природным территориям Великоустюгского округа. Животный мир зоологических заказников представлен в больших панорамных витринах, где можно увидеть зверей и птиц, муляжи грибов, следы жизнедеятельности животных. Юных посетителей увлечёт игра «Лабиринт»: каждый участник сможет помочь бобрам по ходам лабиринта добраться до хатки.

О берёзе, её значении в жизни природы и человека, рассказывает экспозиция «Русская берёза».