Второй собор Соборного дворища посвящён святому праведному Прокопию – небесному покровителю Великого Устюга († 8.07.1303). Немец по происхождению, он принял православие и остался навсегда на Руси, избрав один из труднейших и великих подвигов христианского благочестия – юродство Христа ради. Этот первый Христа ради юродивый на Руси, прославившийся многочисленными чудесами, важнейшее из которых – спасение Устюга от уничтожения каменной тучей, был причислен к лику святых на Соборе 1547 года.

Прокопий Праведный – особо чтимый святой на устюжской земле. Прославление устюжского чудотворца началось задолго до его канонизации Русской православной церковью. В 1471 году на берегу реки Сухоны, близ Успенского собора, над местом погребения праведника устюжские ратники построили деревянную церковь – в благодарность за спасение от тяжёлой болезни во время похода в Нижний Новгород. Этот храм, освящённый во имя благоверных князей-страстотерпцев Бориса и Глеба и великомученика Георгия Победоносца, сгорел, и на его месте в 1495 году устюжские ратные люди возвели новый, который освятили в честь Прокопия Устюжского.

В 1668 году иждивением устюжского купца Афанасия Гусельникова над мощами святого был воздвигнут каменный храм с папертью и колокольней. Описание его содержится в писцовой книге 1676–1683 годов: «церковь холодная каменная о пяти главах, а кресты по меди красной позолочены листовым золотом, а главы обиты железом белым, а та церковь – святого Прокопия, устюжского чудотворца». Мастером, строившим её, был устюжанин Петр Котельников. На протяжении трёх с лишним столетий храм неоднократно перестраивался. В 1867 году к нему был пристроен придел, освящённый во имя святителя Тихона, епископа Воронежского.

Украшение собора святого Прокопия Праведного – великолепный резной золочёный пятиярусный иконостас, возведённый в первой половине XVIII века. Сверкающая позолотой резьба целиком покрывает тябла и колонки, придавая «иконостасу вид пышного, богато украшенного сооружения».

Иконостас Прокопьевского собора – цельное собрание устюжской живописи XVII–XVIII вв. Особой художественной ценностью обладают вкладные иконы местного ряда, заказываемые, как правило, наиболее известным мастерам.

Реставрация иконостаса была выполнена в 80–90-е годы XX века, тогда же восстановлена и настенная живопись.

В настоящее время Прокопьевский собор является кафедральным собором Великого Устюга.